Taux d’absentéisme : que coûte vraiment une absence à une petite entreprise ?

Taux d’absentéisme : c’est l’un des indicateurs les plus cités dans les discussions entre dirigeants, et l’un des moins bien compris. Chaque année, les baromètres tombent, et chacun annonce un chiffre différent — 4,3 %, 4,8 %, 5,1 %, 5,8 %. Aucun n’est faux ; aucun n’est officiel. Pour un dirigeant de TPE-PME, la vraie question n’est pas de savoir lequel croire, mais ce qu’une absence coûte réellement à son entreprise, et ce qui, dans ces chiffres, le concerne. Voici ce que les données 2025-2026 permettent de dire — et ce qu’elles ne permettent pas.

Un taux d’absentéisme, oui — mais lequel ?

Premier point, rarement dit : il n’existe pas de taux d’absentéisme officiel en France. La formule de base est simple — le nombre de jours d’absence rapporté au nombre de jours théoriquement travaillés, sur une période donnée — mais chaque émetteur l’applique à son propre périmètre. Les grands baromètres sont publiés par des assureurs, des courtiers ou des cabinets, à partir des données de leurs propres portefeuilles de clients. Selon qu’ils comptent la maladie seule ou aussi les accidents du travail et la maternité, les CDI seuls ou tous les contrats, les jours calendaires ou les jours ouvrés, le résultat bouge.

Une convention de calcul, en particulier, change tout : le sort des absences longues. Certaines entreprises — et certains indicateurs internes — excluent du calcul les absences de plus de six mois, parfois de plus de 90 jours, au motif qu’elles relèvent de l’invalidité, de la prévoyance ou d’une gestion distincte. Le taux obtenu est alors plus flatteur, mais il laisse hors champ précisément les absences qui pèsent le plus, comme on va le voir. Avant de comparer deux chiffres, la première question à poser est donc toujours : que compte-t-il, et jusqu’à quelle durée ?

C’est ainsi que, pour la même réalité, Malakoff Humanis annonce 4,3 % pour 2025, AXA 4,8 %, Diot-Siaci 4,98 %, WTW 5,1 % et Mercer 5,8 % pour 2024 — ce dernier incluant la maternité, ce qui explique en partie son niveau. Ces chiffres ne sont pas comparables entre eux ; ils ne le sont qu’avec eux-mêmes, d’une année sur l’autre. Et c’est précisément là qu’ils deviennent parlants : tous se situent nettement au-dessus de leur niveau de 2019 — +25,5 % chez Malakoff Humanis, +50 % chez AXA, les deux seuls à publier cette comparaison.

La forme de cette hausse mérite un mot, car elle change le diagnostic. Un absentéisme conjoncturel monte avec un événement et redescend avec lui : le pic de 2022, lié au Covid (5,64 % chez Diot-Siaci), s’est effectivement résorbé. Mais le niveau n’est pas revenu à son point de départ : il s’est stabilisé nettement au-dessus de 2019. C’est la marque d’un absentéisme structurel — Malakoff Humanis parle d’un absentéisme « installé à haut niveau ». Pour un employeur, la nuance compte : un plateau ne redescend pas tout seul.

Toutes ces données proviennent d’enquêtes privées, et nous les présentons comme telles. Les seules données publiques solides portent sur ce que le système finance, pas sur le taux lui-même — nous y venons.

Ce que disent les données 2025-2026 : moins de petites absences, plus de longues

Derrière le taux, deux phénomènes distincts. Le premier, c’est la fréquence : selon Malakoff Humanis (données réelles de 3,8 millions de salariés du privé, publiées en juin 2026), près d’un salarié du privé sur trois — 32 % — a connu au moins un arrêt de travail en 2025. Diot-Siaci mesure 37 % sur son portefeuille, WTW « près de 35 % » pour 2024. L’ordre de grandeur est robuste : un tiers des salariés s’arrête au moins une fois dans l’année.

Le second phénomène, c’est la durée — et c’est lui qui pèse. Les arrêts de plus de 60 jours ne représentent que 9,4 % des arrêts, mais concentrent 63,8 % des journées d’absence (Malakoff Humanis, 2025). WTW observe la même asymétrie sur 2024 : les arrêts de plus de 90 jours font 6 % des arrêts et 57 % de l’absentéisme total. À l’inverse, les arrêts de un à trois jours, si visibles au quotidien, ne pèsent selon AXA qu’une part infime du taux — moins de 0,2 point — alors qu’ils représentent 44 % des arrêts. Autrement dit : ce qui désorganise une entreprise, ce ne sont pas les lundis matin, ce sont les absences qui durent.

Et ces absences longues changent de nature. Les troubles psychologiques représentent désormais 37,8 % des arrêts de plus de 30 jours, en progression de 25 % depuis 2020 (Malakoff Humanis). Chez les moins de 30 ans, plus de la moitié des arrêts longs sont d’origine psychologique (AXA Datascope, mars 2026). Le motif est déclaré par le prescripteur, pas mesuré cliniquement à grande échelle : c’est une tendance, pas un diagnostic — mais une tendance que confirment les deux sources qui mesurent le motif des arrêts longs.

Le paradoxe des petites entreprises

Où se situent les TPE-PME dans ce tableau ? C’est ici que les données se font rares, et il faut le dire franchement : aucune des grandes sources que nous avons consultées ne publie, en accès libre, de taux d’absentéisme 2024-2025 ventilé par taille d’entreprise. C’est un angle mort réel.

La seule ventilation vérifiée est plus ancienne. Dans l’édition 2024 du baromètre Malakoff Humanis (données 2023), 40 % des salariés de TPE de moins de 10 salariés déclaraient au moins un arrêt maladie dans l’année, contre 49 % dans les PME de 10 à 49 salariés et 33 % dans les entreprises de plus de 1 000 salariés (42 % en moyenne). À prendre pour ce que c’est — du déclaratif, daté, sur trois tranches seulement — mais qui dessine une courbe en cloche : la fréquence des arrêts est la plus élevée dans les petites PME, pas dans les très petites entreprises ni dans les grands groupes.

Mais la fréquence ne dit pas tout, et c’est là le paradoxe. Dans une entreprise de cinq salariés, un seul arrêt, c’est 20 % de l’effectif absent. Aucun taux national ne rend compte de cet effet d’échelle : un arrêt de trois mois y a le poids d’une réorganisation complète, là où une grande structure l’absorbe par redéploiement. Le taux peut être plus bas ; la désorganisation, elle, est plus forte. Ce n’est pas une donnée mesurée, c’est une conséquence arithmétique — et elle explique pourquoi la question du coût se pose si différemment selon la taille.

Ce qu’une absence coûte vraiment — et à qui

Commençons par ce que finance la collectivité, la seule partie réellement documentée par une source publique. D’après la DREES (Comptes nationaux de la santé, édition 2025), les régimes de base ont versé 21,3 milliards d’euros d’indemnités journalières en 2024, dont 12,1 milliards pour la maladie — en hausse de 7 % hors Covid sur un an, et de 6,6 % par an en moyenne depuis 2019.

Face à cette dynamique, le gouvernement a déplacé le curseur par décret. Pour les arrêts débutant à compter du 1er avril 2025, le salaire de référence servant au calcul de l’indemnité journalière maladie est plafonné à 1,4 SMIC, contre 1,8 auparavant (décret n° 2025-160 du 20 février 2025). Concrètement, l’indemnité maximale versée par la Sécurité sociale est passée d’environ 53 € à environ 41 € par jour (valeurs au 1er avril 2025). L’Assurance Maladie constate d’ailleurs, dans son rapport Charges et produits pour 2027, que la progression des IJ a été « modérée » en 2025, notamment de ce fait.

Pour l’employeur, ce n’est pas neutre. À partir d’un an d’ancienneté, il doit compléter les indemnités journalières pour maintenir 90 % de la rémunération brute, puis les deux tiers, selon une durée qui croît avec l’ancienneté (article L.1226-1 du Code du travail) — et beaucoup de conventions collectives vont plus loin, jusqu’au maintien intégral sans carence. Mécaniquement, quand la part de la Sécurité sociale baisse pour les salaires supérieurs à 1,4 SMIC, celle de l’employeur augmente. Le plafonnement de 2025 est, pour partie, un transfert de charge vers l’entreprise.

C’est ici qu’intervient le troisième payeur, souvent oublié dans les discussions sur l’absentéisme : la prévoyance. Un contrat de prévoyance collective prend le relais de l’employeur — ou le complète — en versant, après une franchise fixée au contrat, des indemnités qui s’ajoutent à celles de la Sécurité sociale pendant l’incapacité de travail. Ce n’est pas un luxe optionnel : pour les cadres, l’employeur est tenu de financer une cotisation de prévoyance d’au moins 1,50 % de la rémunération limitée au plafond de la Sécurité sociale (accord national interprofessionnel du 17 novembre 2017, étendu par arrêté du 27 juillet 2018), affectée en priorité au risque décès mais qui couvre le plus souvent aussi l’incapacité ; et de nombreuses conventions collectives imposent une garantie incapacité à l’ensemble des salariés. En 2024, les organismes complémentaires ont ainsi versé 7,4 milliards d’euros de compléments d’indemnités journalières (DREES).

La conséquence du plafonnement de 2025 se lit alors en chaîne : moins d’indemnités de la Sécurité sociale, donc davantage à verser par la prévoyance pour garantir le même revenu, donc une sinistralité qui augmente pour les assureurs — ce qui peut, à terme, peser sur les cotisations que l’employeur finance. Pour une TPE-PME, le vrai coût d’une absence longue ne se lit donc pas seulement sur le bulletin de paie du mois : il se lit aussi, avec retard, sur le contrat de prévoyance. Vérifier ce que couvre le sien — franchise, niveau de garantie, part patronale — est un préalable que peu de dirigeants font avant le premier arrêt long.

Reste le coût indirect : le remplacement, les heures supplémentaires des collègues, l’activité perdue. Aucune source ne le mesure de façon fiable par taille d’entreprise. Une estimation privée circule — environ 4 000 € par salarié et par an de « coût caché », selon le cabinet Ayming (2026, méthode non publiée) — que nous citons pour l’ordre de grandeur, pas comme une mesure.

Ce qui a changé depuis le 1er septembre 2026

Une évolution récente mérite d’être connue des dirigeants, même si elle ne crée aucune obligation nouvelle pour l’entreprise. Depuis le 1er septembre 2026, un arrêt de travail pour maladie ne peut plus dépasser 31 jours lors de la première prescription, et chaque prolongation 62 jours, sauf justification motivée du prescripteur (loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026, décrets du 12 juin 2026). Un arrêt non conforme peut entraîner un refus d’indemnisation. Pour une petite entreprise, cela signifie surtout davantage de volets de prolongation à suivre — nous avons détaillé cette règle dans un décryptage dédié.

Ce qui n’a pas changé, en revanche : les jours de carence. Pour les salariés du privé, la carence reste de trois jours pour les indemnités journalières de la Sécurité sociale — et de sept jours pour le maintien de salaire légal, sauf convention collective plus favorable. L’idée d’un jour de carence « d’ordre public », que l’employeur ne pourrait pas compenser, avait été avancée lors du budget 2025 sans être adoptée ; les débats de la loi de financement pour 2026 n’ont porté que sur la carence des agents publics, sans aboutir.

Ce qui reste entre les mains d’un dirigeant

Si l’on résume : les taux divergent mais la tendance est unanime ; la fréquence est élevée — un tiers des salariés —, mais ce sont les arrêts longs, de plus en plus souvent psychologiques, qui pèsent ; et une part croissante du coût glisse vers l’employeur. Face à cela, un chiffre interpelle : selon le volet Ifop du baromètre Malakoff Humanis, plus d’une entreprise sur deux (55 %) n’a déployé aucune action face à l’absentéisme, et la prévention n’est installée que dans 29 % d’entre elles.

Les praticiens distinguent ici un absentéisme incompressible — maladies ordinaires, grossesses, accidents que rien n’aurait évités — et un absentéisme compressible, lié aux conditions de travail, à la charge, au management. Aucune statistique publique ne trace la frontière entre les deux, et les pourcentages « évitables » qui circulent ne reposent sur aucune méthode publiée ; mais la grille est utile, parce qu’elle désigne la part sur laquelle un dirigeant a prise. Il n’existe pas davantage de « taux cible » officiel : le seul repère pertinent est le sien, suivi dans le temps et comparé à son secteur.

Pour un dirigeant de TPE-PME, le levier n’est donc pas dans la surveillance des arrêts courts — ils pèsent peu — mais dans la prévention et le suivi des arrêts longs : le contact maintenu pendant l’absence, l’organisation du retour, le repérage précoce de la surcharge. C’est là que se joue l’écart entre une absence absorbée et une désorganisation durable. Et sur le plan pratique, connaître ses propres droits en cas d’arrêt — notamment sur les congés payés pendant un arrêt maladie — évite les erreurs qui coûtent plus cher que l’absence elle-même.

Questions fréquentes sur le taux d’absentéisme

Question	Réponse
Comment se calcule un taux d’absentéisme ?	En divisant le nombre de jours d’absence par le nombre de jours théoriquement travaillés sur la période, puis en multipliant par 100. Exemple : dans une entreprise de 8 salariés à 220 jours travaillés par an (1 760 jours théoriques), 88 jours d’absence donnent un taux de 5 %. Tout dépend ensuite de ce que vous comptez : maladie seule ou aussi accidents du travail et maternité, jours ouvrés ou calendaires, et surtout jusqu’à quelle durée — exclure les absences de plus de six mois, comme le font certaines entreprises, abaisse mécaniquement le taux tout en masquant les arrêts les plus coûteux. Fixez votre définition une fois pour toutes, écrivez-la, et comparez-vous surtout à vous-même, d’une année sur l’autre.
Quel est le taux d’absentéisme moyen en France ?	Il n’existe pas de chiffre officiel. Les baromètres privés situent le taux entre 4,3 % et 5,8 % pour 2024-2025 selon leur périmètre et leur méthode (Malakoff Humanis 4,3 %, AXA 4,8 %, Diot-Siaci 4,98 %, WTW 5,1 %, Mercer 5,8 % maternité incluse). Ces chiffres ne se comparent pas entre eux ; tous se situent en revanche nettement au-dessus de leur niveau de 2019.
Combien de jours de carence en cas d’arrêt maladie en 2026 ?	Trois jours pour les indemnités journalières de la Sécurité sociale, comme avant : aucune mesure de la loi de financement pour 2026 ne modifie la carence des salariés du privé. Le maintien de salaire légal par l’employeur s’applique, lui, après sept jours de carence — mais de nombreuses conventions collectives prévoient mieux, souvent sans carence.
Combien coûte une absence à l’employeur ?	La partie mesurable, c’est le maintien de salaire : à partir d’un an d’ancienneté, l’employeur complète les indemnités journalières pour garantir 90 % du brut, puis les deux tiers, sur une durée qui augmente avec l’ancienneté (article L.1226-1 du Code du travail), et souvent davantage par convention collective. Depuis le plafonnement des IJ à 1,4 SMIC en avril 2025, ce complément est plus élevé pour les salaires supérieurs à ce seuil. Le coût indirect (remplacement, surcharge des collègues, activité perdue) n’est mesuré nulle part de façon fiable ; les estimations privées parlent d’environ 4 000 € par salarié et par an, à considérer comme un ordre de grandeur.
La prévoyance est-elle obligatoire pour couvrir les arrêts de travail ?	Pas exactement. Pour les cadres, l’employeur doit financer une cotisation de prévoyance d’au moins 1,50 % de la rémunération limitée au plafond de la Sécurité sociale (accord national interprofessionnel du 17 novembre 2017, étendu par arrêté du 27 juillet 2018), mais elle est affectée en priorité au risque décès ; la garantie incapacité n’est pas imposée par l’accord lui-même, même si les contrats l’incluent très souvent. Pour l’ensemble des salariés, l’obligation dépend de la convention collective — beaucoup imposent une garantie incapacité de travail à tout le personnel. Dans tous les cas, quand ce contrat existe, c’est lui qui absorbe une part croissante du coût des arrêts longs depuis le plafonnement des IJ.
Un arrêt de travail peut-il encore dépasser un mois depuis le 1er septembre 2026 ?	Oui, mais pas d’un seul tenant : un arrêt pour maladie est limité à 31 jours lors de la première prescription et chaque prolongation à 62 jours, sauf justification motivée du médecin sur l’arrêt lui-même. Un arrêt non conforme peut être refusé à l’indemnisation. Cela ne crée aucune obligation nouvelle pour l’employeur, mais multiplie les volets de prolongation à suivre.

Information générale — ne remplace pas un conseil personnalisé.

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Sources vérifiées le 3 septembre 2026 :

• Malakoff Humanis, Baromètre Absentéisme 2026 (données réelles 2025, 3,8 millions de salariés du privé ; volet Ifop 3 000 salariés, 400 dirigeants et 200 médecins), communiqués des 9 et 30 juin 2026 — enquête privée (assureur) : taux 4,3 % en 2025 (+25,5 % vs 2019) ; 32 % des salariés ont eu au moins un arrêt ; arrêts > 60 jours = 9,4 % des arrêts, 63,8 % des journées ; troubles psychologiques = 37,8 % des arrêts > 30 jours (30,3 % en 2020, +25 %) ; volet Ifop dirigeants : 55 % des entreprises sans action face à l’absentéisme, prévention installée dans 29 %.
• Malakoff Humanis, Baromètre Absentéisme 2024 (données 2023, communiqué du 17 avril 2024) — enquête privée, déclarative, datée : part de salariés déclarant au moins un arrêt maladie — TPE < 10 salariés 40 %, PME 10-49 salariés 49 %, entreprises > 1 000 salariés 33 % (42 % en moyenne).
• WTW, Baromètre absentéisme privé 2025 (données 2024, 431 981 salariés, 1 952 entreprises, DSN), septembre 2025 — enquête privée : taux 5,1 % ; ~35 % des salariés arrêtés ; arrêts > 90 jours = 6 % des arrêts, 57 % de l’absentéisme.
• Diot-Siaci / Ipsos bva, Observatoire de la performance sociale 2026 (données 2025), avril 2026 — enquête privée : taux 4,98 % ; 37 % de salariés absents au moins une fois ; durée moyenne 21,1 jours.
• AXA, Datascope 2026 (données 2025, 3 millions de salariés), 31 mars 2026 — enquête privée : taux 4,8 % (+50 % depuis 2019) ; chez les < 30 ans, plus de la moitié des arrêts longs d’origine psychologique ; arrêts 1-3 jours = 44 % des arrêts pour moins de 0,2 point de taux (chiffre relayé par TPE Actu, 4 avril 2026).
• Mercer, Baromètre de l’absentéisme 2025 (données 2024) — enquête privée : taux 5,8 % (maternité incluse).
• DREES, Comptes nationaux de la santé, édition 2025, fiche 25 « Les indemnités journalières » (données 2024) — officiel : 21,3 Md€ d’IJ versées par les régimes de base, dont 12,1 Md€ maladie (+7,0 % hors Covid ; +6,6 %/an depuis 2019) ; 7,4 Md€ de compléments par les organismes complémentaires.
• Décret n° 2025-160 du 20 février 2025 (art. R. 323-4 CSS) — officiel : plafond du salaire de référence des IJ maladie ramené de 1,8 à 1,4 SMIC pour les arrêts débutant à compter du 1er avril 2025 (IJ maximale 53,31 € → 41,47 €, valeurs au 1er avril 2025).
• Assurance Maladie, rapport Charges et produits pour 2027, 2 juillet 2026, p. 10 — officiel : dynamique des dépenses d’IJ « modérée » en 2025 « notamment en raison de l’abaissement du plafond de 1,8 à 1,4 SMIC ».
• Code du travail, art. L.1226-1 et D.1226-1 s. ; service-public.gouv.fr, fiche F3053 (mise à jour 1er juin 2026) — officiel : maintien de salaire légal (1 an d’ancienneté, carence 7 jours, 90 % puis 2/3).
• Loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 de financement de la Sécurité sociale pour 2026, art. 81 ; décrets n° 2026-498 et 2026-499 du 12 juin 2026 — officiel : durée maximale des arrêts de travail pour maladie (31 jours en première prescription / 62 jours par prolongation) à compter du 1er septembre 2026 ; aucune modification du délai de carence des salariés du privé.
• Ayming, 18e Baromètre de l’absentéisme et de l’engagement (OpinionWay, 1 004 professionnels RH ; publication 26 juin 2026) — enquête privée déclarative, méthode de coût non publiée : « coût caché » estimé à 4 000 € par salarié et par an, « sur la base du taux d’absentéisme 2024 ».
• Accord national interprofessionnel du 17 novembre 2017 relatif à la prévoyance des cadres (art. 1er, reprenant l’art. 7 de la convention collective nationale du 14 mars 1947), étendu et élargi par arrêté du 27 juillet 2018 — officiel (accord étendu) : cotisation exclusivement patronale d’au moins 1,50 % de la tranche de rémunération limitée au plafond de la Sécurité sociale, affectée en priorité (au moins 0,76 %) au risque décès.