Arrêts maladie longue durée : quand l’indemnisation recule, où va le risque ?

Un salarié en arrêt depuis des mois, et une question que son employeur ne s’était jamais posée : combien de temps la Sécurité sociale va-t-elle continuer à l’indemniser ? La réponse dépend d’un statut dont peu d’employeurs connaissent le nom — ce que l’Assurance maladie appelle une « ALD non exonérante ». Ce nom trompe : il ne suppose pas d’être en affection de longue durée. Pour les arrêts qui en relèvent, la durée maximale d’indemnisation est ramenée de trois ans à un an à partir du 15 octobre 2026 — sauf pour les situations déjà reconnues à cette date. Tant qu’aucun protocole de soins n’a été ouvert, cette durée ne change pas : le plafond reste de 360 indemnités journalières sur trois ans.

Trois réformes en dix-huit mois ont conduit là, portées par trois textes distincts. Elles ne visent pas les mêmes choses. Elles vont pourtant dans le même sens : celui d’une prise en charge publique qui se resserre.

Trois réformes en dix-huit mois, un même sens

Depuis le 1er avril 2025, le salaire servant de base au calcul des indemnités journalières est plafonné plus bas — 1,4 SMIC au lieu de 1,8 (décret n° 2025-160). Depuis le 1er septembre 2026, la durée d’un arrêt est plafonnée dès sa prescription : la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 renvoie le plafond exact à un décret, en imposant qu’il ne descende pas en dessous d’un mois pour un premier arrêt et de deux mois pour une prolongation. Le médecin peut dépasser ce plafond, mais il doit alors le justifier sur l’ordonnance. Et à compter du 15 octobre 2026, la durée maximale d’indemnisation de certains arrêts longs passe de trois ans à un an (décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026).

Reprenons, sans dramatiser : trois leviers différents — le montant, la durée de prescription, la durée d’indemnisation. Un seul sens : la part prise en charge par la collectivité se resserre, et elle se resserre d’abord sur les arrêts qui durent. Ce n’est pas un jugement, c’est une direction. Reste à savoir sur qui, concrètement, elle pèse.

Pourquoi les arrêts longs « hors 100 % » ? La réponse est dans les comptes

La dernière réforme ne touche pas tous les arrêts longs. Elle vise ceux pour lesquels un protocole de soins a été ouvert — la procédure de l’article L. 324-1 du code de la sécurité sociale — et qui n’ouvrent ni exonération ni réduction du ticket modérateur, ce qu’on résume couramment par « la prise en charge à 100 % ». C’est ce cas que l’Assurance maladie appelle une « ALD non exonérante ».

Le nom est trompeur, et c’est le premier piège du dossier : on entre dans ce périmètre par une affection de longue durée reconnue, mais aussi par des soins continus de plus de six mois, sans aucune ALD. La caisse l’écrit elle-même — le dispositif concerne « les pathologies ou les accidents ne relevant pas du régime des ALD ». Seconde nuance, tout aussi décisive : une participation seulement allégée suffit à conserver les trois ans.

Pourquoi ce périmètre précis ? La réponse tient dans une ligne de comptes publics.

D’après le rapport Charges et produits pour 2026 de l’Assurance maladie, le nombre de ces arrêts longs « hors 100 % » augmente chaque année de plus de 6,4 %, quand celui des arrêts en affection de longue durée exonérante ne progresse que de 0,9 % — comparaison établie par la caisse sur 2017-2022. Et le poste pèse : 3,17 milliards d’euros pour 401 000 arrêts en 2023 — pour les seuls arrêts de plus de six mois, trois fois les dépenses d’indemnités journalières des personnes en affection de longue durée exonérante. Face à un segment sept fois plus dynamique, cibler celui-là est, budgétairement, rationnel. Il faut le dire, parce que c’est la moitié du tableau.

L’autre moitié commence ici.

ALD non exonérante : ce que contient, statistiquement, le périmètre

Que trouve-t-on, précisément, dans ces arrêts longs « hors 100 % » ? Le rapport Charges et produits pour 2026 de l’Assurance maladie l’écrit en toutes lettres : « les principales pathologies couvertes sont celles liées à la dépression légère (33 % de ces situations) et aux troubles musculosquelettiques (32 %) ». Autrement dit : dans le segment que la réforme resserre, 65 % des situations relèvent de la dépression légère et des troubles du geste et de la posture — deux familles de maux que la caisse nomme ainsi, et qu’elle ne rattache pas au travail.

Une précision juridique s’impose ici, et elle est décisive. Ce n’est pas le nom de la maladie qui fait entrer dans le nouveau régime. Une dépression, un mal de dos peuvent parfaitement ouvrir droit à la prise en charge à 100 % — et conserver alors les trois ans. Ils peuvent aussi ne donner lieu à aucun protocole de soins, et le décret ne les concerne alors pas du tout. Ce qui décide, c’est le dossier du patient : le médecin traitant établit un protocole de soins, le service médical de la caisse donne son avis, et le directeur de l’organisme notifie sa décision sur la participation de l’assuré. Deux salariés souffrant de la même pathologie peuvent donc être classés différemment. On ne peut pas dire « les dépressions perdent deux ans d’indemnisation » : ce serait faux. On peut seulement constater que, statistiquement, ces affections peuplent le plus le périmètre qui se resserre.

Trois sources, trois populations — une même direction

Trois sources documentent la montée du psychologique et des troubles du geste dans les arrêts longs — aucune ne porte sur la même population. C’est le second mouvement, et il va en sens inverse du premier. Prenons ces trois sources une par une.

Côté santé mentale, le baromètre 2026 de Malakoff Humanis (données 2025, secteur privé) mesure que les troubles psychologiques représentent désormais 37,8 % des arrêts de plus de trente jours, une proportion en hausse de 25 % depuis 2020 — 25 % en valeur relative, pas 25 points — et « la première cause des arrêts longs » selon ce baromètre. Chez les moins de trente ans, plus de la moitié des arrêts longs sont d’origine psychologique (AXA, Datascope 2026, données 2025, secteur privé). Ces deux sources sont des enquêtes privées, fondées sur les portefeuilles de leurs assurés ; nous les présentons comme telles.

Côté troubles musculo-squelettiques, une source publique cette fois : ils restent la première maladie professionnelle reconnue en France, et pèsent à eux seuls près de 90 % des maladies professionnelles (Assurance maladie–Risques professionnels, rapport 2024). Et sur le terrain de la santé mentale, les maladies professionnelles psychiques reconnues ont plus que doublé entre 2020 et 2024 — en passant de 840 à 1 805 cas. L’ordre de grandeur change la lecture : la reconnaissance suppose un taux d’incapacité d’au moins 25 % ou le décès, et un lien « direct et essentiel » avec le travail établi par un comité régional d’experts. Ces 1 805 cas ne mesurent donc pas l’ampleur de la souffrance psychique au travail : ils mesurent ce que le système accepte d’imputer au travail — et cette part-là double.

Ces trois indicateurs ne s’additionnent pas, mais ils pointent dans la même direction. Et gardons la rigueur : que les arrêts longs pour motif psychologique et les troubles musculo-squelettiques progressent et que la couverture se resserre au même moment est une coïncidence de calendrier, pas une relation de cause à effet. Les deux mouvements ont des origines différentes ; c’est leur rencontre qui mérite d’être regardée.

Ce que ça déplace, et pour qui

Quand la part publique se retire plus tôt d’un arrêt long, le moment où « quelqu’un d’autre doit payer » avance — de deux ans, au maximum, pour les situations qui basculent. Ce quelqu’un d’autre, ce n’est pas l’entreprise au titre du maintien de salaire légal : celui-ci dure au plus six mois, même pour les anciennetés les plus longues, et il est donc consommé bien avant un an. Ce que prévoit votre convention collective, en revanche, peut aller plus loin — et se vérifie au cas par cas. Pour le reste, ce sont les relais qui viennent après — le contrat de prévoyance, l’éventuelle bascule en invalidité. C’est-à-dire des dispositifs privés ou contributifs, dont la couverture n’a rien d’automatique et se lit contrat en main. (Nous avons détaillé ce relais dans un décryptage dédié.)

Le déplacement de fond est là : un risque long, hier largement porté par la solidarité nationale, glisse en partie vers l’assurance collective de l’entreprise et vers le salarié lui-même. Pour un dirigeant, l’enseignement n’est pas « une charge de plus arrive » — ce serait inexact, il ne verse pas ces indemnités. C’est une question de lecture : dans mon entreprise, qui porte réellement le risque d’un arrêt qui dure, et à partir de quand ?

La réforme ne crée aucune obligation nouvelle pour l’employeur — mais elle peut avancer la date à laquelle ses propres engagements se déclenchent. La réponse n’est donc pas dans le décret. Elle est dans une convention collective et un contrat de prévoyance que peu de dirigeants ouvrent avant le premier arrêt long.

Où regarder, concrètement

Trois documents, déjà chez vous, suffisent à savoir où vous en êtes.

• Votre convention collective, article « maladie » ou « incapacité » : la durée de maintien de salaire qu’elle prévoit, et si elle est conditionnée au versement des indemnités journalières. C’est ce qui décide si l’avancée d’échéance vous concerne ou non.
• Votre contrat de prévoyance, garantie « incapacité de travail » : la durée d’indemnisation, la franchise, et surtout ce qui se passe quand la Sécurité sociale cesse de payer. Certains contrats s’arrêtent en même temps qu’elle.
• Vos arrêts en cours : l’échéance du 15 octobre 2026 vise les arrêts prescrits à compter de cette date, et ceux déjà en cours dont l’incapacité atteindra six mois à compter du 15 octobre. Les compter prend dix minutes et transforme une inquiétude générale en chiffre.

Questions fréquentes

Quelles maladies sont concernées par la réduction de l’indemnisation à un an ?

Aucune maladie n’est visée par son nom. Ce qui décide, c’est la décision de la caisse sur le ticket modérateur — prise au vu du protocole de soins établi par le médecin traitant et de l’avis de son service médical —, pas le diagnostic. Deux salariés atteints de la même affection peuvent donc être classés différemment.

La dépression est-elle concernée ?

Pas en tant que telle. Trois cas se présentent. Tant qu’aucun protocole de soins n’est ouvert, rien ne change. Avec un protocole ouvert et un ticket modérateur supprimé ou réduit, la durée reste de trois ans. Protocole ouvert sans cet allègement, c’est un an. Statistiquement, la dépression légère pèse environ un tiers des arrêts « hors 100 % » (Assurance maladie) — mais cela ne signifie pas que « les dépressions » perdent deux ans d’indemnisation.

À partir de quand la réduction de trois ans à un an en ALD non exonérante s’applique-t-elle ?

Deux cas. Les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026. Et les arrêts en cours à cette date, dont l’incapacité atteindra six mois à compter du 15 octobre. Les assurés qui bénéficiaient déjà, au 15 octobre, de la procédure de l’article L. 324-1 — autrement dit dont le protocole de soins était ouvert à cette date — conservent leurs trois ans. Comme ceux dont le ticket modérateur est supprimé ou réduit, quelle que soit la date de reconnaissance. Détail dans notre décryptage consacré au décret.

Pourquoi les arrêts longs en ALD non exonérante sont-ils concernés plutôt que d’autres ?

Pour une raison budgétaire, et les comptes publics la documentent. Une ALD non exonérante, malgré son nom, n’est pas forcément une affection de longue durée : c’est un arrêt long pour lequel un protocole de soins a été ouvert — après six mois de soins continus, ou au titre d’une affection de longue durée — mais qui n’ouvre ni exonération ni réduction du ticket modérateur. Le nombre de ces arrêts augmente de plus de 6,4 % par an, contre 0,9 % pour les affections exonérantes (Assurance maladie, période 2017-2022). Et le poste pesait 3,17 milliards d’euros pour 401 000 arrêts en 2023.

Les arrêts longs pour motif psychologique augmentent-ils ?

Deux indicateurs le suggèrent, mais ils ne mesurent pas la même chose. Une enquête privée (Malakoff Humanis, baromètre 2026, données 2025, secteur privé) situe les troubles psychologiques à 37,8 % des arrêts de plus de trente jours, toutes origines confondues — sans dire si le travail y est pour quelque chose. L’Assurance maladie–Risques professionnels compte, elle, les seules maladies professionnelles psychiques reconnues : 840 cas en 2020, 1 805 en 2024. Deux mesures qui montent, sur deux populations qui ne se recouvrent pas.

Qu’est-ce que la réduction de trois ans à un an en ALD non exonérante change pour un employeur ?

Rien sur le plan des obligations : l’employeur ne verse pas ces indemnités et le décret ne lui impose aucune démarche nouvelle. Ce qui change, c’est le calendrier : le moment où un relais de revenu (prévoyance, invalidité) devient nécessaire peut arriver jusqu’à deux ans plus tôt. D’où l’intérêt de vérifier, à froid, ce que prévoient sa convention collective et son contrat de prévoyance.

Information générale — ne remplace pas un conseil personnalisé adapté à votre situation.

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À lire dans ce numéro

• Numéro 12 — Quand l’arrêt maladie s’installe — le sommaire du numéro
• Arrêt maladie longue durée : qui bascule à un an
• Maintien de salaire : combien de temps, et qui paie ensuite
• « Je ne voulais pas le déranger »
• Vrai ou faux : 8 idées reçues sur les arrêts qui durent