Temps partiel thérapeutique : pouvez-vous le refuser, et que devez-vous organiser ?

Jeudi 24 septembre. Nadia, votre assistante de direction, est en arrêt maladie depuis le 6 juillet 2026. Elle vous appelle : son médecin lui prescrit une reprise « à temps partiel thérapeutique » à partir du lundi 5 octobre, pour trois mois. « Je viendrais les matins. Ça vous va ? »

Vous raccrochez avec trois questions. Avez-vous le choix ? Qui va la payer l’après-midi ? Et comment réorganiser un poste qui, jusqu’ici, tenait sur des journées pleines ?

Le Code du travail ne dit presque rien du temps partiel thérapeutique : ce qui s’impose à vous vient du médecin du travail, de l’interdiction des discriminations et de quelques arrêts de la Cour de cassation.

Le temps partiel thérapeutique, c’est quoi exactement ?

C’est un travail à temps réduit pour raison de santé, prescrit par le médecin du salarié. Pendant ce temps, vous payez les heures travaillées, et l’Assurance maladie verse des indemnités journalières pour compenser, en partie, la perte de salaire.

Le texte qui l’organise fixe deux cas : le maintien ou la reprise du travail sont reconnus comme de nature à favoriser l’amélioration de l’état de santé du salarié, ou le salarié doit suivre une rééducation ou une réadaptation professionnelle pour retrouver un emploi compatible avec son état de santé.

Trois idées reçues à écarter :

• « Mi-temps » ne veut pas dire 50 %. L’expression courante « mi-temps thérapeutique » est trompeuse : le texte parle de « temps partiel pour motif thérapeutique » — l’Assurance maladie et l’INRS disent « temps partiel thérapeutique » — et ne fixe aucune proportion. Deux jours par semaine, trois matinées, quatre jours : c’est la prescription qui fixe la durée.
• Un arrêt préalable n’est plus exigé. Jusqu’à la loi de financement de la sécurité sociale pour 2019, les indemnités de temps partiel thérapeutique supposaient en principe un arrêt à temps complet juste avant. Ce n’est plus le cas : le dispositif peut servir à maintenir un salarié au travail, pas seulement à l’y faire revenir.
• Pas de délai de carence sur ces indemnités journalières : la loi l’écarte expressément.

En cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, le régime est voisin mais distinct : le texte vise un « travail aménagé ou à temps partiel », prescrit par le médecin traitant et reconnu par le médecin-conseil comme favorisant la guérison ou la consolidation.

Pouvez-vous refuser un temps partiel thérapeutique ?

La réponse honnête tient en deux phrases. Aucun texte ne vous oblige expressément à accepter un temps partiel thérapeutique. Mais votre refus doit pouvoir être justifié, et plusieurs règles l’encadrent.

Le texte qui crée le temps partiel thérapeutique règle le versement des indemnités, pas votre relation avec le salarié, et le Code du travail ne lui consacre aucun article.

Les pages d’information officielles décrivent, elles, la pratique. L’Assurance maladie écrit que l’employeur peut refuser le temps partiel thérapeutique s’il le juge incompatible avec le fonctionnement de l’entreprise, et lui demande, pour l’indemnisation du salarié, d’établir une attestation indiquant son accord de principe sur la reprise. L’INRS précise que la mise en œuvre suppose l’accord de l’employeur, mais que son refus doit être justifié par des éléments objectifs, en particulier lorsque le médecin du travail a préconisé l’aménagement. Ce sont des documents d’information, pas des textes de loi.

Ce qui vous engage passe donc par plusieurs portes.

Première porte : le médecin du travail

Le médecin du travail peut proposer, par écrit et après échange avec le salarié et avec vous, des mesures d’aménagement du temps de travail justifiées par l’état de santé. Un temps partiel thérapeutique peut en faire partie.

Dans ce cas, le Code du travail vous impose de prendre en considération sa proposition. Si vous refusez d’y donner suite, vous devez faire connaître vos motifs par écrit au salarié et au médecin du travail. Si vous contestez les éléments de nature médicale sur lesquels repose la proposition, il existe un autre chemin que le refus : saisir le conseil de prud’hommes, selon la procédure accélérée au fond, dans les quinze jours de la notification. Sa décision se substitue alors à la proposition du médecin du travail.

Un point de vigilance. Dans un arrêt publié du 9 septembre 2026, la Cour de cassation est revenue sur sa position antérieure : elle juge que le seul non-respect des préconisations du médecin du travail portant sur l’aménagement, l’adaptation ou la transformation du poste de travail ouvre droit à réparation, sans que le salarié ait à démontrer une atteinte à sa santé. La règle posée porte sur le poste, pas sur le temps de travail : l’arrêt ne tranche donc pas le cas du temps partiel thérapeutique. Il ne dit pas non plus qu’un refus motivé par écrit met l’employeur à l’abri : il ne se prononce pas sur ce point.

Notre recommandation pratique : ne refusez pas sans être passé par le médecin du travail. Demandez-lui son avis sur le rythme prescrit et sur l’organisation possible du poste. Si un aménagement différent est envisageable — d’autres jours, d’autres horaires —, c’est avec lui qu’il se discute.

Deuxième porte : l’interdiction des discriminations

Changer un salarié de poste parce qu’il est en temps partiel thérapeutique, c’est prendre une décision en raison de son état de santé. Dans un arrêt publié du 30 mars 2011, la Cour de cassation a jugé discriminatoire le changement d’affectation d’une salariée, décidé en raison de son état de santé : son employeur avait jugé son temps partiel thérapeutique « incompatible avec la direction d’une caisse de crédit mutuel », et ce alors que son contrat contenait une clause de mobilité.

Concrètement : si vous ne pouvez pas accepter le rythme prescrit, appuyez-vous sur des éléments objectifs tenant au poste et à l’organisation, et non à l’état de santé du salarié. Si celui-ci invoque une discrimination et présente des éléments qui la laissent supposer, c’est à vous de prouver que votre décision est justifiée par des éléments objectifs étrangers à toute discrimination. Aucun arrêt publié ne juge le cas d’un simple refus de temps partiel thérapeutique.

Cas particulier : le salarié handicapé ou titulaire d’une pension d’invalidité

Si votre salarié relève de l’une des catégories protégées par le Code du travail (reconnaissance de la qualité de travailleur handicapé, certaines pensions d’invalidité ou rentes d’accident du travail ou de maladie professionnelle, allocation aux adultes handicapés, notamment), la règle est plus exigeante, quelle que soit la taille de l’entreprise. Vous devez prendre les mesures appropriées pour lui permettre de conserver son emploi, sauf si les charges qui en résultent sont disproportionnées, compte tenu des aides prévues à cet effet, et refuser ces mesures peut constituer une discrimination.

Le texte ne cite pas le temps partiel thérapeutique. Le Code du travail précise seulement que ces salariés bénéficient, à leur demande et au titre de ces mesures, d’un aménagement d’horaires individualisés. Mais la Cour de cassation raisonne plus largement, en termes d’aménagements raisonnables : dans un arrêt publié du 15 mai 2024, rendu à propos d’un licenciement pour inaptitude, elle a précisé qu’un refus, même implicite, d’aménagements demandés par le salarié ou préconisés par le médecin du travail fait partie des éléments qui laissent supposer une discrimination : l’employeur doit alors démontrer que son refus tient à l’impossibilité matérielle de les mettre en place ou au caractère disproportionné, pour l’entreprise, des charges qui en résultent.

Avant la reprise, puis au quotidien : visite, écrit, poste

D’abord, la visite de reprise

Avant de fixer un planning, vérifiez si la visite de reprise est obligatoire. Elle l’est notamment après une absence d’au moins soixante jours pour maladie ou accident non professionnel, ou d’au moins trente jours pour accident du travail. Dès que vous connaissez la date de fin de l’arrêt, c’est à vous de saisir le service de prévention et de santé au travail.

Reprenons Nadia : arrêtée depuis le 6 juillet, elle reprend le 5 octobre après 91 jours d’absence. La visite de reprise est obligatoire, et vous devez la demander dès son appel.

Deux précisions utiles :

• lorsqu’une visite de reprise a lieu, c’est elle qui met fin à la suspension du contrat, y compris lorsque le médecin du travail déclare le salarié apte à reprendre dans le cadre d’un temps partiel thérapeutique : la Cour de cassation l’a jugé dans des arrêts publiés de 1999 et 2000, et l’a rappelé en 2023. À partir de là, le contrat n’est plus suspendu : le salarié travaille, à temps réduit ;
• pour les arrêts de travail délivrés depuis le 15 juin 2026, la visite de reprise n’est pas requise lorsque le salarié a passé une visite de préreprise dans les trente jours précédant sa reprise effective et que le médecin du travail y a conclu qu’aucune mesure d’aménagement du poste ni du temps de travail n’était nécessaire, sauf si le médecin du travail, l’employeur ou le salarié la demande. Une reprise en temps partiel thérapeutique s’accorde mal avec une telle conclusion ; et, dans tous les cas, vous pouvez demander la visite de reprise : faites-le. Nous avons détaillé ces règles dans notre décryptage sur la visite de préreprise.

Ensuite, un écrit (courrier ou avenant) et un poste allégé

Aucun texte propre au temps partiel thérapeutique n’impose d’avenant au contrat, et aucun arrêt publié ne tranche la question. Un écrit reste utile : il évite les malentendus et fixe ce que chacun peut attendre.

Notre recommandation : un courrier ou un avenant simple, signé par les deux parties, qui précise :

• la durée hebdomadaire et la répartition des horaires (les matins, certains jours) ;
• la durée prévue du dispositif, telle qu’elle résulte de la prescription ;
• le fait que le salarié retrouve son temps de travail antérieur à la fin du temps partiel thérapeutique.

Pour le poste lui-même : répartissez la charge, pas la personne. Réduire le temps de travail sans réduire les missions revient à demander le travail d’un temps plein sur un temps réduit.

Qui paie quoi ?

Vous payez les heures travaillées. C’est la contrepartie du travail, sans règle particulière.

L’Assurance maladie verse des indemnités journalières pour la part non travaillée. Leur montant ne peut pas dépasser la perte de gain liée à la réduction d’activité.

Au-delà, trois points dépendent de votre situation, et ne se règlent pas par une formule générale :

• le complément de salaire : le maintien de salaire prévu par le Code du travail est prévu en cas d’absence ; aucun texte ni arrêt publié ne dit s’il joue sur la part non travaillée d’un temps partiel thérapeutique. Regardez d’abord votre convention collective et votre contrat de prévoyance, qui peuvent prévoir ce cas ;
• les congés payés : les textes ne disent pas expressément comment ils s’acquièrent pendant un temps partiel thérapeutique. En cas de doute, faites-vous confirmer le calcul par votre gestionnaire de paie ou votre expert-comptable ;
• la durée des indemnités : l’Assurance maladie ne les verse que pendant une durée maximale. Un décret du 16 septembre 2026 la modifie pour les arrêts de travail prescrits à compter du 15 octobre 2026 et pour ceux en cours qui atteindront six mois à compter de cette date. Il la réduit en particulier pour les salariés relevant de ce que l’Assurance maladie appelle une « ALD non exonérante » — un nom trompeur, car ce statut ne suppose pas d’être atteint d’une affection de longue durée —, sauf si ce statut leur était déjà reconnu à la date du 15 octobre 2026. Il ne concerne pas le temps partiel prescrit après un accident du travail ou une maladie professionnelle. C’est une question entre votre salarié et sa caisse : vous n’avez pas à connaître sa situation médicale. Retenez seulement que les indemnités peuvent s’arrêter avant la fin prévue du temps partiel thérapeutique, et parlez-en avec votre salarié pour anticiper la suite. Nous avons présenté cette réforme dans notre décryptage sur les arrêts longs.

Si la relation se termine : l’indemnité de licenciement et le piège du salaire de référence

Il arrive qu’un temps partiel thérapeutique débouche sur une rupture — une inaptitude, par exemple. Le calcul des indemnités cache alors un piège.

La Cour de cassation l’a jugé dans un arrêt publié du 12 juin 2024 : lorsque le salarié est licencié pendant un temps partiel thérapeutique, le préavis, l’indemnité pour licenciement sans cause réelle et sérieuse et l’indemnité de licenciement se calculent sur le salaire perçu avant le temps partiel thérapeutique — et avant l’arrêt maladie qui l’a, le cas échéant, précédé. Pour l’indemnité de licenciement, on retient la formule la plus favorable au salarié entre les douze et les trois derniers mois précédant le temps partiel thérapeutique et, le cas échéant, l’arrêt maladie qui l’a précédé.

Même solution, dans un arrêt publié du 5 mars 2025, pour l’indemnité de licenciement d’un salarié placé en arrêt maladie après un temps partiel thérapeutique, et licencié pendant cet arrêt.

Le fondement est l’interdiction des discriminations : un salarié ne doit pas voir ses indemnités amputées parce que sa santé l’a obligé à travailler moins.

Ce qu’il faut faire

• Dès que vous connaissez la date de fin de l’arrêt, saisissez le service de prévention et de santé au travail si la visite de reprise est obligatoire, et ne répondez ni oui ni non « à chaud » : demandez l’avis du médecin du travail sur le rythme prescrit et l’organisation du poste.
• Si vous ne pouvez pas suivre une proposition du médecin du travail, motivez votre refus par écrit, auprès du salarié et du médecin, avec des raisons objectives tenant à l’organisation. Si vous contestez les éléments médicaux de la proposition, vous avez quinze jours à compter de sa notification pour saisir le conseil de prud’hommes. Un refus motivé ne vous met pas pour autant à l’abri d’un contentieux ; et si le salarié relève du cas particulier présenté plus haut (travailleur handicapé, pension d’invalidité, rente d’accident du travail ou de maladie professionnelle), le refus doit reposer sur une impossibilité matérielle ou sur des charges disproportionnées pour l’entreprise.
• Formalisez le dispositif par écrit : horaires, durée prévue, retour au temps de travail antérieur.
• Allégez la charge de travail à proportion du temps réduit, et ne changez pas le salarié de poste en raison de son temps partiel thérapeutique.
• Vérifiez votre convention collective et votre contrat de prévoyance pour le complément de salaire, et faites valider le calcul des congés payés.
• En cas de rupture, calculez les indemnités sur le salaire d’avant le temps partiel thérapeutique.

Questions fréquentes

L’employeur peut-il refuser un temps partiel thérapeutique (mi-temps thérapeutique) ?

Aucun texte n’oblige expressément l’employeur à accepter un temps partiel thérapeutique. Selon l’Assurance maladie, il peut refuser s’il juge le temps partiel thérapeutique incompatible avec le fonctionnement de l’entreprise ; selon l’INRS, des éléments objectifs doivent justifier son refus. Si le médecin du travail propose un aménagement, il doit motiver son refus par écrit. Pour un salarié reconnu travailleur handicapé ou titulaire de certaines pensions d’invalidité ou rentes d’accident du travail ou de maladie professionnelle, un refus sans impossibilité matérielle ni charges disproportionnées peut être discriminatoire.

Peut-on changer de poste un salarié en temps partiel thérapeutique ?

Pas de sa propre initiative, en raison de son temps partiel thérapeutique : dans un arrêt publié du 30 mars 2011, la Cour de cassation a jugé discriminatoire le changement d’affectation d’une salariée décidé en raison de son état de santé, alors même que son contrat contenait une clause de mobilité. L’employeur peut en revanche adapter la charge de travail au temps réduit et mettre en œuvre les aménagements du poste proposés par le médecin du travail.

Faut-il un arrêt de travail avant un temps partiel thérapeutique ?

Non, plus depuis la loi de financement de la sécurité sociale pour 2019. Le temps partiel thérapeutique peut permettre une reprise après un arrêt, mais aussi le maintien au travail d’un salarié qui n’était pas arrêté. Lorsqu’il fait suite à un arrêt long, la visite de reprise auprès du médecin du travail reste en principe obligatoire dans les cas prévus par le Code du travail, notamment après au moins soixante jours d’absence pour maladie non professionnelle.

Qui paie le salarié en temps partiel thérapeutique ?

L’employeur paie les heures travaillées. L’Assurance maladie verse des indemnités journalières pour la part non travaillée, sans délai de carence, dans la limite de la perte de gain. Un complément peut être dû au titre de la convention collective ou du contrat de prévoyance : il faut les vérifier, car aucun texte ni arrêt publié ne dit si le maintien de salaire légal s’applique à la part non travaillée.

Comment calculer l’indemnité de licenciement d’un salarié en temps partiel thérapeutique ?

Sur le salaire perçu avant le temps partiel thérapeutique, et avant l’arrêt maladie qui l’a éventuellement précédé, en retenant la formule la plus favorable au salarié entre les douze et les trois derniers mois. La Cour de cassation l’a jugé dans des arrêts publiés du 12 juin 2024 et du 5 mars 2025. Le préavis et l’indemnité pour licenciement sans cause réelle et sérieuse suivent la même logique lorsque le licenciement intervient pendant le temps partiel thérapeutique.

Qui a dit que le droit social était facile à comprendre ?

Information générale — ne remplace pas un conseil personnalisé adapté à votre situation.

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