Arrêt maladie longue durée : la coupure à un an ne vise pas ceux que vous croyez

Mis à jour le 18 octobre 2026.

En juin, on vous parlait d’une première limite sur les arrêts maladie : la durée de ce qu’un médecin peut prescrire en une seule fois — 31 jours au départ, 62 jours par prolongation. Beaucoup l’avaient comprise de travers.

En voici une deuxième, et elle connaît le même sort. Celle-ci ne touche pas l’ordonnance du médecin : elle touche le portefeuille du salarié. Un décret publié le 18 septembre a ramené à un an, depuis le 15 octobre 2026, l’indemnisation de certains arrêts maladie longue durée qui pouvaient jusque-là être indemnisés trois ans.

Vous avez peut-être lu que la mesure attrape aussi les arrêts déjà en cours. Si vous avez un salarié absent depuis plusieurs mois, cette phrase vous concerne, oui — mais probablement dans l’autre sens que celui qu’on vous a annoncé.

Deux durées existent. Une seule change.

Précision utile avant d’entrer dedans : tout ce qui suit concerne les arrêts pour maladie non professionnelle. Un arrêt qui fait suite à un accident du travail ou à une maladie professionnelle obéit à d’autres règles, et ce décret ne le touche pas.

Un salarié en arrêt touche des indemnités journalières de la Sécurité sociale. Il existe deux compteurs distincts.

Le compteur de droit commun : 360 jours maximum sur trois ans

Le salarié peut être indemnisé 360 jours au maximum sur une période de trois ans. C’est le droit commun, celui qui couvre la grande majorité des arrêts. Les arrêts successifs d’un même salarié viennent puiser dans ce même compteur : trois semaines en janvier, deux mois à l’automne, tout s’additionne. Ce compteur-là n’est pas touché par le décret.

L’arrêt long : comment un salarié entre dans le régime de l’arrêt maladie longue durée

Quand une affection demande une interruption de travail ou des soins continus d’une durée prévisible supérieure à six mois, un protocole de soins peut être établi. Rien d’automatique, et rien de mécanique non plus : le salarié peut en faire la demande à sa caisse à tout moment, sans attendre un délai ; au-delà de six mois d’arrêt, le directeur de la caisse peut de son côté saisir son médecin conseil ; mais c’est le médecin traitant qui décide d’élaborer le protocole. Le salarié entre alors dans le régime de longue durée de l’Assurance maladie, où l’indemnisation pouvait courir trois ans d’affilée. C’est là, et seulement là, que tout se joue.

Le protocole de soins, en clair

Ce n’est pas une notion abstraite : c’est un document. Le médecin traitant y décrit l’affection et les soins qu’elle réclame, et le médecin conseil de la caisse l’examine. Ce que vous devez en retenir tient en deux phrases. D’abord, votre salarié, lui, est au courant : son médecin lui en remet un exemplaire, et il connaît sa situation. Ensuite, vous, non — et c’est normal. Aucun de ces échanges ne passe par l’employeur.

Affection de longue durée : ce que le sigle recouvre

Une ALD, dans le vocabulaire de l’Assurance maladie, c’est une maladie dont la durée prévisible d’évolution dépasse six mois et qui appelle des soins suivis. Le point décisif, celui que le décret vient exploiter, c’est qu’il en existe deux sortes — et que la frontière ne passe pas là où on l’imagine.

ALD exonérante ou non exonérante : ce que ça change sur les frais de santé

En temps normal, la Sécurité sociale ne rembourse qu’une partie du tarif d’une consultation, d’un médicament ou d’un examen. La part qui reste s’appelle le ticket modérateur : elle est payée par le patient ou, le plus souvent, par sa mutuelle. Quand l’Assurance maladie reconnaît une ALD exonérante, cette participation est supprimée pour les soins liés à l’affection : c’est ce qu’on appelle couramment la « prise en charge à 100 % » — étant entendu qu’il s’agit de 100 % du tarif de la Sécurité sociale, et non du prix réellement payé. Quand l’ALD est non exonérante, l’arrêt long est bien reconnu, mais le salarié continue d’être remboursé aux taux habituels : rien n’est supprimé.

Pourquoi deux salariés atteints de la même maladie peuvent être classés différemment

Parce que l’exonération ne suit pas le nom de la pathologie. Dans tous les cas, la loi exige que l’affection réclame un traitement prolongé et une thérapeutique particulièrement coûteuse : c’est cette condition-là, et non le diagnostic seul, qui fait basculer d’un côté ou de l’autre. Trois portes y mènent : une affection inscrite sur la liste officielle de l’Assurance maladie — diabète, sclérose en plaques, tumeur maligne — ; une affection grave caractérisée qui ne figure pas sur cette liste, sous sa forme évolutive ou invalidante ; ou plusieurs affections cumulées entraînant un état pathologique invalidant. À chaque fois, c’est le médecin conseil de la caisse qui apprécie. D’où ce résultat déroutant : deux salariés, même diagnostic, deux classements possibles.

Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 ramène à un an ces trois ans du régime de longue durée. Avec une exception nette : si la participation du salarié à ses frais de santé est limitée ou supprimée au titre de son affection de longue durée, les trois ans sont maintenus. C’est le cas des affections inscrites sur la liste officielle, mais aussi d’une affection grave qui ne figure pas sur cette liste, ou de plusieurs affections cumulées, dès lors que la caisse a accordé l’exonération.

À l’inverse, un arrêt long pour une affection reconnue de longue durée mais qui n’ouvre pas droit à cette prise en charge renforcée — l’ALD non exonérante — bascule à un an.

Retenez bien le critère, parce qu’il est contre-intuitif : ce n’est pas le nom de la maladie qui décide, c’est la décision d’exonération, prise par le médecin conseil de la caisse pour ce salarié-là. Une même pathologie peut ouvrir l’exonération chez l’un et pas chez l’autre. Et un salarié qui n’a aucune affection de longue durée reconnue n’est pas concerné du tout par ce décret : il n’a jamais eu trois ans, il relève du compteur de droit commun.

Le piège : ce n’est pas votre stock d’absences qui bascule

On vous explique souvent que la mesure s’applique depuis le 15 octobre et qu’elle rattrape tous les arrêts maladie longue durée qui étaient déjà en cours. C’est vrai à moitié, et la moitié qui manque change tout.

Le décret vise les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026. Il vise aussi les arrêts en cours à cette date — mais pour une incapacité de travail atteignant six mois à compter du 15 octobre. Les six mois se comptent à partir de cette date, pas avant.

Le décompte, sur un cas daté

Prenez un salarié arrêté depuis le 12 mai 2026. Au 15 octobre 2026, son absence dure depuis plus de cinq mois — mais pour ce décret, le compteur des six mois ne part pas du 12 mai : il part du 15 octobre. Ce jour-là, il est donc à zéro. Il faut attendre le 15 avril 2027 pour que six mois d’incapacité soient atteints à compter de cette date. C’est seulement à ce moment-là que le texte nouveau peut jouer pour lui. Entre les deux, rien ne bouge. Voilà le calcul que vous aurez à faire — et il ne se fait pas à partir du premier jour de l’arrêt.

Et surtout, le décret prévoit une clause de sauvegarde que presque personne ne lit : le salarié qui, au 15 octobre 2026, s’est déjà vu reconnaître le bénéfice du régime de longue durée — sans exonération de ses frais de santé — conserve ses trois ans, jusqu’au terme.

Traduction pour votre entreprise : votre salarié absent depuis février 2026, dont le régime de longue durée a été reconnu à l’été 2026, n’est pas visé. Il garde la durée d’avant. Ce sont les arrêts prescrits depuis le 15 octobre 2026 — et ceux qui étaient en cours sans que ce régime ait encore été reconnu à cette date — qui basculent.

Trois situations, trois issues

Le plus simple est encore de les poser côte à côte.

Sophie, arrêtée depuis février 2026. Son protocole de soins a été établi en juillet 2026, son affection est reconnue de longue durée mais sans exonération. Au 15 octobre 2026, elle relève déjà du régime de longue durée : la clause de sauvegarde joue, elle garde ses trois ans jusqu’au terme.

Karim, arrêté depuis le 12 mai 2026. Son affection est reconnue de longue durée, sans exonération elle aussi — mais son protocole de soins n’est établi qu’en novembre 2026, après le 15 octobre. La clause de sauvegarde ne joue donc pas pour lui : elle ne protège que ceux dont le régime était déjà reconnu à cette date. Son compteur de six mois démarre le 15 octobre 2026 et arrive à échéance le 15 avril 2027 : c’est le nouveau régime qui s’appliquera à lui.

Léa, dont l’arrêt est prescrit le 3 novembre 2026. Elle est dans le nouveau régime d’emblée. Si son affection est reconnue de longue durée sans exonération : un an. Si elle ouvre droit à l’exonération : trois ans, comme avant.

Même entreprise, trois salariés, trois réponses différentes. C’est exactement pour ça qu’une réponse donnée de mémoire, dans un couloir, est risquée.

Et pour ceux qui basculent, le changement n’a rien de théorique. Là où l’indemnisation pouvait courir jusqu’à trois ans, elle s’arrêtera au bout d’un. Deux années d’indemnités journalières en moins, au maximum. Surtout : tout ce qui arrive après la fin des indemnités journalières — la question de la prévoyance, la visite de reprise, une éventuelle inaptitude, un dossier d’invalidité — se posera jusqu’à deux ans plus tôt. Pour une entreprise de dix salariés, ce n’est pas un détail de calendrier : c’est une décision qui tombe en 2027 au lieu de 2029.

Autre point à connaître, qui n’est pas nouveau mais que le décret conserve : pour que ce compteur-là — celui du régime de longue durée — reparte de zéro, il faut une reprise du travail d’au moins un an. Une reprise de quelques semaines entre deux arrêts ne remet rien à plat.

Pourquoi ça vous concerne, alors que vous ne payez pas les indemnités journalières

Parce que le jour où les indemnités s’arrêtent, le contrat de travail, lui, reste suspendu. Et pour les arrêts qui basculent, ce jour-là arrive jusqu’à deux ans plus tôt qu’avant.

Votre salarié n’est plus indemnisé au titre de la maladie. Il est pourtant toujours dans vos effectifs, toujours sur votre registre du personnel, toujours titulaire de son poste. Rien ne se dénoue tout seul.

Ce que veut dire, concrètement, « l’indemnisation s’arrête ». La caisse cesse de verser les indemnités journalières. Et à partir de là, rien n’est automatique : ni la reprise, ni la sortie du contrat, ni le relais d’un autre revenu. Trois suites sont possibles — le salarié reprend le travail, il relève sous conditions de l’invalidité, ou ni l’un ni l’autre et le contrat reste suspendu. Aucune ne se déclenche toute seule, et aucune ne se traite depuis votre bureau.

Et c’est vers vous qu’il va se tourner. Avec deux questions, les mêmes à chaque fois :

• « Est-ce que la prévoyance prend le relais ? »
• « Et le maintien de salaire prévu par la convention collective ? »

Soyons francs : ces deux réponses ne se trouvent pas dans le décret, et elles ne sont pas les mêmes d’une entreprise à l’autre. Elles dépendent de votre convention collective, de votre contrat de prévoyance et de ses conditions de durée. (Le maintien de salaire prévu par la loi, lui, est depuis longtemps épuisé à ce stade de l’arrêt.) Nous ne trancherons pas ici ce que votre contrat prévoit — mais mieux vaut le lire avant qu’on vous pose la question.

Il y a un second motif, plus immédiat : ce que vous allez répondre. Un dirigeant qui annonce à un salarié en arrêt depuis sept mois que « ça va couper à un an » a toutes les chances de se tromper, et cette erreur-là ne se rattrape pas facilement.

Ce qu’il faut faire

• Listez vos absences longues — pour trier, pas pour paniquer. Trois cas, et un seul est protégé : le salarié déjà admis au régime de longue durée au 15 octobre 2026 (il garde ses trois ans jusqu’au terme) ; celui dont l’arrêt est en cours mais qui n’y a pas encore été admis à cette date — typiquement un arrêt commencé au printemps ou à l’été 2026 (il bascule si son arrêt dure encore le 15 avril 2027) ; celui dont l’arrêt est prescrit à compter du 15 octobre 2026 (il bascule). En TPE, cette liste tient sur un post-it : encore faut-il l’écrire.
• Ne présumez rien de l’affection de votre salarié. Vous n’avez pas à connaître son diagnostic, ni le classement retenu par la caisse, et il n’a pas à vous les donner. Le point de contact utile, pour lui, c’est sa caisse d’assurance maladie.
• Ne relayez pas l’information brute. Si un salarié vous interroge, dites-lui que sa situation dépend de son dossier à la caisse, et renvoyez-le vers elle. C’est la réponse exacte, et c’est la seule que vous puissiez donner sur la durée de ses indemnités.
• Ouvrez votre contrat de prévoyance et vérifiez ce qu’il prévoit quand les indemnités journalières cessent, et pendant combien de temps. Interrogez votre courtier ou votre organisme assureur par écrit, et gardez la réponse.
• Relisez l’article « maladie » de votre convention collective, celui qui traite du maintien de salaire et de sa durée.
• Anticipez la suite du dossier : visite de reprise, rendez-vous de liaison, inaptitude éventuelle. Un arrêt qui dure finit toujours par appeler une décision — et, pour les arrêts qui basculent, elle arrivera plus vite.

Questions fréquentes

Un arrêt maladie longue durée, c’est combien de temps d’indemnisation ?

Jusqu’à trois ans dans le régime de longue durée de l’Assurance maladie. Le décret n° 2026-866 ramène cette durée à un an pour les affections de longue durée non exonérantes, à compter du 15 octobre 2026. Le compteur de droit commun (360 jours sur trois ans) n’est, lui, pas modifié.

Les arrêts déjà en cours au 15 octobre 2026 sont-ils concernés ?

Pas tous. Le salarié dont le régime de longue durée est déjà reconnu à cette date garde ses trois ans (clause de sauvegarde). Pour les autres, le décompte de six mois démarre le 15 octobre 2026 : le nouveau régime ne peut jouer qu’ensuite.

Quelle différence entre ALD exonérante et non exonérante ?

L’ALD exonérante ouvre la prise en charge à 100 % du tarif de la Sécurité sociale (suppression du ticket modérateur) pour les soins liés à l’affection, et conserve les trois ans. L’ALD non exonérante reconnaît l’arrêt long sans cette prise en charge renforcée : c’est elle qui bascule à un an. C’est la décision d’exonération de la caisse, pas le nom de la maladie, qui tranche.

Information générale — ne remplace pas un conseil personnalisé.

Qui a dit que le droit social était facile à comprendre ?

À lire dans ce numéro

• Numéro 12 — Quand l’arrêt maladie s’installe — le sommaire du numéro
• Maintien de salaire : combien de temps, et qui paie ensuite
• Quand l’indemnisation recule, où va le risque
• « Je ne voulais pas le déranger »
• Vrai ou faux : 8 idées reçues sur les arrêts qui durent

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